欧洲生物标本库接入服务系统(BioCASE)是一个跨国界的各种生物标本库网络。BioCASE通过采用开放源码和系统独立软件以及开放的数据标准和协议,能够广泛地统一地连接分布于欧洲各地的各种生物标本库和观察数据库。
BioCASE技术:
通常BioCASE一词是指在BioCASE 这一课题中所创造的技术,特别是 BioCASE 协议和 BioCASE供应者软件。这种技术可以将任意结构的数据库与GBIF和BioCASE网络相连。
BioCASE是建立于CDEFD, BioCISE, 和 ENHSIN 这些早期项目。这些项目给解开由生物标本库所形成的巨大的生物知识库一个全功能的服务奠定了基础。
在BioCASE 欧盟项目资助阶段 (2001年-2004年),来自31个国家的合作伙伴建立了一个网络,从数千个生物标本库的元信息(meta-information) 开始,完成了单元级接入网络(unit-level access network)。”单元级” 数据是指单独的标本库和观察单元,即个别的标本和观察记录。与此相对应,标本库级元数据则包含了描述全部标本库这类单元的记录。这些信息可以是XML语言,文本数据,高分辨图像乃至视频文件等不同文件格式。
BiOCASE 的持续发展以及用户和数据供应者的支持,得到了欧盟项目ENBI 和 SYNTHESYS 以及 GBIF镜像和复制课题等其他项目的资助。
BioCase和GBIF - 共同和互补的功能
GBIF,全球生物多样性信息机构,是一个大科学项目,其主要目标是“使世界上主要的生物多样性数据通过因特网(www.gbif.net )从世界各地免费获得”。GBIF 目前主要工作集中在建立物种种类名录数据 (创建一个已被命名的生物物种电子目录) ,以及主要物种的分布数据的策划动员。(“unit-level data”,即单元级数据,为标本和观察记录)。
BioCASE 和GBIF具有部分重叠的目标。两者均包含标本库数据,但是GBIF主要致力于数字化的单元级资源,而BioCASE还包括了非数据化的标本库元信息。另一方面,GBIF主要面对全球范围并覆盖物种的数据资源,而目前的BioCASE项目则主要致力于欧洲的标本库 (这里的欧洲指欧盟的研究资助)。这同样也体现在同BioCASE相关的工作包,如欧洲生物多样性信息网络(ENBI),Species 2000europa,以及欧洲分类机构联盟(CETAF)发起的SYNTHESYS项目中的网际行动D。
GBIF和BioCASE 分享相同的理念,即开放接入数据资源。所有由BioCASE开发的软件均通过公共许可证发布。数据提供者通过安装一个BioCASE包,即接受在因特网上发表他们的数据这一事实。无论GBIF还是BioCASE均不排斥他人建立特别的入口使用数据资源,并利用为公共域名开发出来的软件和服务,只要他们遵守数据提供者的规定。
GBIF使用BioCASE的技术发展
GBIF 在2002年接受了ABCD 计划草案作为未来单元级标本库数据标准(亦即标本和观察记录数据) 。ABCD主要由BioCASE ( 及前期项目之一, ENHSIN)开发,以CDEFD,BioCISE和英国的Recorder项目inter alia发展的信息模型为基础。ABCD在BioCASE网络中被用来作数据传输。除了允许提供十分详细的数据以支持数据挖掘和进一步的研究应用,ABCD还支持巨大的元信息的知识产权(IPR)及其他权利,因此确保数据提供者对版权,授权委托,以及使用他们的数据进行申明。ABCD在2005年被分类数据库工作组(Taxonomic Databases Working Group)接受为标准。
自2003年一个工作原型被开发后,GBIF也接受BioCASE 数据传输协议作为另一个可供选择的DiGIR 协议。BioCASE将提供对GBIF注册的完全接入。因此作为BioCASE的提供者意味着在未来也将成为GBIF的提供者。
